如何使用python将“打印”输出重定向到文件?
我想使用python将打印重定向到.txt文件。我有一个“ for”循环,当我要将所有这些输出重定向到一个文件时,它将“打印”每个.bam
文件的输出。所以我试着把
f = open('output.txt','w'); sys.stdout = f
在我的脚本的开头。但是,.txt文件中什么也没有。我的脚本是:
#!/usr/bin/pythonimport os,sys
import subprocess
import glob
from os import path
f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f
path= '/home/xug/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')
for bamfile in bamfiles:
filename = bamfile.split('/')[-1]
print 'Filename:', filename
samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
print 'Readlines finished!'
........print....
........print....
所以有什么问题?除了此sys.stdout以外,还有其他方法吗?
我需要我的结果看起来像:
Filename: ERR001268.bamReadlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)
回答:
最明显的方法是打印到文件对象:
with open('out.txt', 'w') as f: print >> f, 'Filename:', filename # Python 2.x
print('Filename:', filename, file=f) # Python 3.x
但是,重定向标准输出对我也有效。像这样的一次性脚本可能很好:
import sysorig_stdout = sys.stdout
f = open('out.txt', 'w')
sys.stdout = f
for i in range(2):
print 'i = ', i
sys.stdout = orig_stdout
f.close()
从外壳本身进行外部重定向是另一个不错的选择:
./script.py > out.txt
其他问题:
脚本中的第一个文件名是什么?我看不到它已初始化。
我的第一个猜测是glob找不到任何bamfile,因此for循环不会运行。检查文件夹是否存在,并在脚本中打印出bamfiles。
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