如何使用python将“打印”输出重定向到文件?

我想使用python将打印重定向到.txt文件。我有一个“ for”循环,当我要将所有这些输出重定向到一个文件时,它将“打印”每个.bam文件的输出。所以我试着把

 f = open('output.txt','w'); sys.stdout = f

在我的脚本的开头。但是,.txt文件中什么也没有。我的脚本是:

#!/usr/bin/python

import os,sys

import subprocess

import glob

from os import path

f = open('output.txt','w')

sys.stdout = f

path= '/home/xug/nearline/bamfiles'

bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:

filename = bamfile.split('/')[-1]

print 'Filename:', filename

samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],

stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)

linelist= samtoolsin.stdout.readlines()

print 'Readlines finished!'

........print....

........print....

所以有什么问题?除了此sys.stdout以外,还有其他方法吗?

我需要我的结果看起来像:

Filename: ERR001268.bam

Readlines finished!

Mean: 233

SD: 10

Interval is: (213, 252)

回答:

最明显的方法是打印到文件对象:

with open('out.txt', 'w') as f:

print >> f, 'Filename:', filename # Python 2.x

print('Filename:', filename, file=f) # Python 3.x

但是,重定向标准输出对我也有效。像这样的一次性脚本可能很好:

import sys

orig_stdout = sys.stdout

f = open('out.txt', 'w')

sys.stdout = f

for i in range(2):

print 'i = ', i

sys.stdout = orig_stdout

f.close()

从外壳本身进行外部重定向是另一个不错的选择:

./script.py > out.txt

其他问题:

脚本中的第一个文件名是什么?我看不到它已初始化。

我的第一个猜测是glob找不到任何bamfile,因此for循环不会运行。检查文件夹是否存在,并在脚本中打印出bamfiles。

以上是 如何使用python将“打印”输出重定向到文件? 的全部内容, 来源链接: utcz.com/qa/432268.html

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