transform pmc-id - > pmid

Z时代
2024-01-10
分类：问答

是否可以通过ncbi api将pmc-ids（pubmed central id）转换为pmids（pubmed id）？您可以通过网络表格做到这一点，但我想要使用一个程序 - 当然我可以随时写一个屏幕报废...谢谢transform pmc-id - > pmid

回答：

您可以将pubmed ID转换为pubmed ID EFetch NCBI Entrez编程实用程序（E-utilities）。可以使用任何可以从HTTP读取数据并解析XML的编程语言的EFetch。

例如，如果在列表中的文章之一是：

王TT，等。 J Biol Chem。 2010年1月22日; 285（4）：2227-31。
考研结论：19948723 PubMed中心PMCID：PMC2807280

您可以从以下网址EFetch XML文档：

“http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/ eutils/efetch.fcgi分贝= PMC & ID = & rettype = MEDLINE & retmode = xml”的

的XML文档包含PubMed的ID：

<pmc-articleset> 
    <article> 
    <front> 
     <article-meta> 
      <article-id pub-id-type="pmc">2807280</article-id> 
      <article-id pub-id-type="pmid">19948723</article-id>

一到一个pmcid转换为PMID在Perl的方法是：

#!/usr/bin/perl 
# pmcid2pmid.pl -- convert a pubmed central id to a pubmed id with EFetch 
# http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/static/efetchlit_help.html 
use strict; 
use warnings; 
use LWP::UserAgent; # send request to eutils.ncbi.nlm.nih.gov 
use XML::Smart;  # parse response 
# check parameter 
my ($id) = @ARGV; 
if (not(defined($id)) ) { 
    print STDERR "must provide a pmcid as 1st parameter...\n"; 
    exit(-1); 
}  
$id =~ s/PMC//; 
sleep(3); # recommended delay between queries 
# build & send efetch query 
my $efetch= "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?"; 
my $efetch_query = "db=pmc&id=$id&rettype=medline&retmode=xml"; 
my $url = $efetch.$efetch_query; 
my $xml = XML::Smart->new($url); 
##print $xml->dump_tree(),"\n"; 
# parse the response 
$xml = $xml->{'pmc-articleset'}->{'article'}->{'front'}{'article-meta'}; 
my $pmid = $xml->{'article-id'}('pub-id-type','eq','pmid')->content; 
print STDOUT "PMID = $pmid";