奇怪的回声行为瓦尔
我有我希望能转换成一个for循环下面简单的代码:奇怪的回声行为瓦尔
i="1"; \ plate="$(grep -P "^${i}" SampleIDs-Nov9-gyrA_S1-2.tab | cut -f 2)"; \
plateid="$(grep -P "^${i}" SampleIDs-Nov9-gyrA_S1-2.tab | cut -f 3)"; \
strain="$(grep -P "^${i}" SampleIDs-Nov9-gyrA_S1-2.tab | cut -f 4)"; \
replicate="$(grep -P "^${i}" SampleIDs-Nov9-gyrA_S1-2.tab | cut -f 5)"; \
timepoint="$(grep -P "^${i}" SampleIDs-Nov9-gyrA_S1-2.tab | cut -f 6)"; \
medium="$(grep -P "^${i}" SampleIDs-Nov9-gyrA_S1-2.tab | cut -f 7)"; \
total="$(awk -F'\t' 'BEGIN{n=0}{ n++ }END{print n/4}' ../trial1_merged_dir/${i}.extendedFrags.fastq)"; \
mut="$(grep -P "^${strain}" mutants-short.unix.txt | awk '{print toupper($2)}')"; \
wt="$(grep -P "^${strain}" mutants-short.unix.txt | awk '{print toupper($3)}')"; \
mutc="$(grep -c $mut ../trial1_merged_dir/${i}.extendedFrags.fastq)"; \
wtc="$(grep -c $wt ../trial1_merged_dir/${i}.extendedFrags.fastq)"; \
echo $i; \
echo $strain; \
echo $medium; \
echo $replicate; \
echo $timepoint; \
echo $wtc; \
echo $mutc; \
echo $total; \
输出:
1 cip1
M9_Glucose
1
T0
4794
2938
9289
这是正常的。然而,当我与一个取代最后8行回声:
echo "$strain $i $medium $replicate $timepoint $wtc $mutc $total"; \
输出:
1 T0 4794 2938 9289
不正常。我想知道有什么可能导致一些价值观的药房?
还有一次,我尝试了,我得到这个输出:
1 1ip1 T0_Gluco4794 2938 9289
更为离奇的是一些文本融合,结果被截断。
回答:
$medium
最后有一个CR。在提取变量后将其删除,或使用dos2unix
对文件进行预处理。
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